Una volta che il medico ha raccolto l’anamnesi e posto indicazione alla terapia, il paziente si sdraia sul lettino  e si ha inizio alla terapia vera e propria. La terapia viene effettuata con materiale anatomico e monouso. La metodica è inodore e indolore. ll lavaggio intestinale consiste nell’utilizzo di una piccola specola che il terapeuta inserisce nel canale anale del paziente: questa specola viene quindi collegata a un tubo per l’irrigazione d’acqua pulita e ad un altro per lo scarico dei detriti fecali che avviene quindi in un circuito chiuso, connessa ad un tubo in plastica che si collega allo strumento.Il terapeuta regola la quantità e la temperatura dell’acqua ad una pressione e temperatura confortevoli (circa 38°).Durante la seduta che dura circa 20-30 minuti, si effettua un piacevole massaggio addominale per aiutare l’intestino a svuotarsi e per riattivare la motilità intestinale. Alla fine del trattamento il paziente avverte un piacevole senso di benessere e  può tornare alle sue consuete attività giornaliere. Sarà sempre il medico, in base al tipo di problema ed alla risposta del paziente a proporre il numero dei trattamenti, in genere da 5 a 10, e la loro periordicità.